El presidente Andrés Manuel López Obrador eliminó el órgano desconcentrado de Prospera y ordenó transferir todos sus recursos a uno nuevo en la Secretaría de Educación, denominado Coordinación Nacional de Becas para el Bienestar Benito Juárez.
En un decreto publicado el 31 de mayo en el Diario Oficial, el Ejecutivo derogó el mandato de septiembre de 2014 por el cual el ex Presidente Enrique Peña Nieto instituyó al Programa de Inclusión Social Prospera, como un órgano de la entonces Secretaría de Desarrollo Social.
La desaparición de Prospera ya estaba prevista en un artículo transitorio del Presupuesto de Egresos de 2019, en el que se aclaró que los recursos asignados se entenderán como parte del programa que lo sustituya.