Por considerar que violó los principios por los cuales fue designado, por las faltas de respeto y por haber cometido excesos en el cargo, cinco de los siete magistrados del Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación aprobaron la destitución de José Luis Vargas como presidente de este órgano jurisdiccional. En su lugar designaron al magistrado Reyes Rodríguez Mondragón.
“Para mí es un reto, pero también es el más alto honor poder presidir una institución que está próxima a cumplir con un cuarto de siglo como un órgano especializado del Poder Judicial de la Federación”.
En esta sesión, la cual se llevó a cabo a distancia, no participó Vargas Valdés, pues en reunión previa se negó a aceptar que su presidencia fuera puesta bajo la lupa.